病因未明，可能与下列因素有关：1.遗传因素：鼻咽癌患者具有种族及家族聚集现象，如侨居国外的中国南方人后代仍保持着较高的鼻咽癌发病率。决定人类白细胞抗原（HLA）的某些遗传因素和鼻咽癌的发生发展密切相关。2.病毒感染：EB病毒感染与鼻咽癌有关，鼻咽癌患者体内存在高滴度抗EB病毒抗体，鼻病毒及流感病毒次之，通过飞沫和密切接触而传染。人乳头瘤病毒感染与喉乳头瘤密切相关。3.吸烟与饮酒：绝大多数的喉癌患者都有长期的吸烟或饮酒史，吸烟为喉鳞状细胞癌重要的独立危险因素之一，烟草可使呼吸道纤毛运动迟缓或停止，黏膜充血水肿，上皮增生和鳞状上皮化生，成为致癌的重要基础，喉癌的发病率与每天吸烟的量和吸烟的总时间成正比，长期被动吸烟亦可致癌。烟草可显著增加声门癌发生的相对危险性。而饮酒可明显增加声门上癌的发生率，当吸烟同饮酒联合存在时可产生倍增效应。4.环境因素：鼻咽癌高发区的大米和水中微量元素镍含量较低发区高，鼻咽癌患者头发中镍含量亦高。动物实验证实镍可以促进亚硝胺诱发鼻咽癌，维生素缺乏和性激素失调也可以改变黏膜对致癌物的敏感性。