慢性结肠炎是由环境、遗传、感染和免疫多因素相互作用所导致。慢性结肠炎主要包括肠结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等。肠结核是由结核杆菌引起的慢性肠道炎症。溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，是一种多因素引起的，异常免疫介导的肠道慢性及复发性炎症，有终生复发倾向。饮食、吸烟、卫生条件、生活方式或暴露于某些不明因素都是可能的环境因素。炎症性肠病具有遗传倾向，炎症性肠病患者一级亲属发病率明显高于普通人群，而患者配偶的发病率不增加。多种微生物参与了炎症性肠病的发生与发展，抗生素或微生态制剂对某些炎症性肠病患者有益。炎症性肠病的发病机制可概括为：环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参与下，启动了难以停止的发作与缓解交替的肠道天然免疫及获得性免疫反应。导致肠粘膜屏障损伤，溃疡经久不愈，炎性增生等病理改变。