结肠炎的发生是由免疫因素、遗传因素、环境因素和感染因素共同作用的结果。某些患者感染肠道菌后，可与结肠上皮细胞抗原起免疫反应，因此怀疑结肠炎的发生可能与细胞免疫异常有关。结肠炎患者的直系亲属中，发病概率比较高。结肠炎在发达的国家和地区发病率更高，可能与生活习惯和生活方式有关，吸烟、阑尾切除、服用避孕药等都可增加溃疡性结肠炎发病的危险性。结肠炎发病可能与细菌、病毒感染有直接关系，本病发病前多数有肠道感染史，因此认为肠道感染可能是一种诱发因素。