治疗头皮真菌主要是以清除真菌，避免感染扩散为主。在治疗前应尽量将头发全部剪除，剪下的头发要焚烧处理。治疗时可选择在患处涂抹硝酸咪康唑、克霉唑等抗真菌的药膏进行治疗，也可选择口服灰黄霉素、特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等药物进行治疗。另外在头皮真菌感染期间，不要与家里的人共用毛巾等用品，以免传染给家里人，此外患者戴过的帽子及用过的枕巾等都要用开水煮烫等办法消毒。