肛周脓肿主要是肛腺感染引起，肛腺开口于肛窦，肛窦开口向上，粪便容易进入肛窦内，引起肛窦和肛腺感染。感染向肛管直肠周围的间隙蔓延扩散，形成肛周脓肿。直肠内异物、干硬粪便通过直肠肛管时造成损伤，或者外伤导致感染，向深部组织扩散，划伤肛管、直肠粘膜而继发感染，继而形成肛周脓肿。