藿香正气水和藿香正气口服液是有一定区别的。首先，二者的处方不同。藿香正气水最终的药品里面是含有乙醇的，而藿香正气口服液的提取制剂过程中用到了乙醇，但是最后都回收除去了，最终的成品液不含有乙醇；其次，二者的制作方式不同。藿香正气水主要采取乙醇渗漉法和水煎法制取，藿香正气口服液在生产工艺方面主要采取加水回流蒸馏法和水煎法煮；最后，二者的适应症也不同。藿香正气水主要用于夏季感冒、肠胃型的感冒、急性胃肠炎、消化不良等疾病，恶寒发热、胸膈满闷、恶心呕吐也可以用，服药期间应该忌食生冷的食物。藿香正气口服液为祛暑剂，具有解表化湿、理气和中之功效，用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见有头痛、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻，肠胃型感冒见上述症候者。