扁平疣的最佳治疗方法，实际上有很多种选择。但是目前对于所有的治疗方法，还没有一种公认的一种特效办法。扁平疣治疗在临床上可以选择一些外用药物进行抗角化治疗。比如，通常可以外涂维a酸乳膏，或者是外涂水杨酸软膏，这样能够在一定的程度上，促进扁平疣表面的角质化的缓解，这样在一定的程度上也能治疗扁平疣。而且也可以配合外涂一些抗病毒类的药物，比如可以外涂干扰素凝胶，或者是外涂鬼臼毒素等。但是鬼臼毒素如果外用的时候，需要根据医生具体的判断来使用，以免伤及到扁平疣周围的正常皮肤。也可以通过口服中药进行调理治疗，因为扁平疣这种疾病发病时间较长，治疗也不是一天两天的事情。