阴茎的疼痛有如下的病因：第一种、就是患者的性生活频率或者手淫频率过高，就会出现阴茎的劳损，导致勃起和射精时候的疼痛，有时候还伴有排尿时候的尿道刺痛；第二种、就是患者有不洁的性行为，病史要考虑一些性传播疾病，例如淋菌性或者非淋菌性的尿道炎，也会出现阴茎和尿道疼痛感；第三种、是可能有外伤，例如骑跨伤、跌倒以及性生活时候的过度暴力所导致的扭折伤，只不过是程度比较轻微，造成了轻度软组织挫伤，但是没有引起白膜破裂，也可以表现成仅仅有阴茎的疼痛感；第四种、就是老年男性比较常见的阴茎海绵体硬结症，这是一种阴茎海绵体免疫性的纤维化疾病，逐步加重，可以表现成阴茎表面摸到一些硬结，在勃起的时候疼痛感比较明显。整体治疗需要到泌尿外科就诊，明确病因以后，方可决定下一步的治疗方案。