肝内胆管结石的处理方法如下：1、应根据肝内胆管结石发生的部位、症状轻重来进行干预，如果结石是发生在肝内胆管末梢很细的胆管里，也没有任何症状，定期随访就可以了。随访时间为每三个月或半年做一次B超，以观察结石的大小变化。2、若患者有症状，引起了肝脏功能的损害，如引起了发烧、肚子疼、黄疸等一系列肝内胆管结石引起的症状，这时就需要到专门的肝胆外科就诊，进行进一步的干预和治疗。治疗方法有药物治疗、微创的取石，还有胆道镜、十二指肠镜、激光碎石、超声碎石、体外冲击波碎石，用碎石和排石的方法联合起来，以达到治疗的目的。