指甲上有小坑引起的原因是比较多的。首先，可能是由于真菌感染所导致的甲癣。其次，也有可能是由于低氧血症，导致指甲缺少生长所需的营养，从而发生指甲凹陷形成小坑。再者，也有可能是缺铁性贫血引起的。最后，还可能与自身胃肠功能不好，缺乏营养，经常佩戴人工指甲等有关系。出现了指甲上有小坑，一定要及时的检查和治疗，平时要注意保养指甲，补充营养。