肛瘘不治疗会导致肛瘘经久不愈，也就是外口有可能会假性愈合，等身体抵抗力下降、过度劳累或者进食辛辣、刺激的食物以后，外口可以自行破溃、流脓、渗液，并且伴有臭味等情况。如果肛瘘不治疗是很难自行愈合的，时间长了以后，单纯的肛瘘有可能会形成复杂性的肛瘘，就是瘘管细菌比较多、污染比较严重，可能会导致有多个外口或者有多个内口出现。如果是形成复杂性肛瘘，下一步治疗就会非常麻烦，有可能还需要二次手术或者多次手术，才能够解决问题。一旦肛瘘诊断明确之后，建议早期到医院进行手术治疗。如果是内口偏低，可以行肛瘘切开或是肛瘘切除；如果内口偏高，可以行肛瘘挂线手术。