奥美拉唑临床最常见的不良反应就是会出现头痛，还有胃肠道的症状，比如腹泻，恶心，便秘这个发生率比较高一些，其他比较发生的少的还有头晕，嗜睡，乏力，还有的会出现睡眠紊乱，感觉异常。还有的病人过敏，有皮疹，瘙痒或者荨麻疹的症状，有的会引起肝脏转氨酶升高，比较罕见的一些不良反应，还有会出现周围性的水肿，或者是过敏反应导致过敏性休克，发热，血管水肿，还有的会引起白细胞的减少，血小板减少，粒细胞缺乏。另外中枢神经系统会产生精神错乱或者是幻觉，抑郁的也有，一般胃肠道的症状主要就是会出现口干，味觉异常，皮肤有的会表现为脱发，光过敏，多形性红斑，肝脏有一些会导致肝衰竭，但这些都是比较少见。还有会导致关节痛，肌肉痛，肌肉疲劳，有一些会出现眼睛视力模糊。