少数的肛周脓肿用抗生素，热水坐浴或者局部理疗有可能会消散，但是大多数的肛周脓肿只能通过手术来治疗，手术的方案有两种。第一种方案，单纯性的化脓治疗，可以在截石位或侧位下菊毛或压铆的情况下，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液，深入探测脓腔的大小，并分开间隔、充分引流、放置凡士林引流条，然后进行消炎抗感染治疗。第二种，脓腔和肛瘘相通的脓肿，只能够一期手术切开脓肿，进行引流消炎，三个月后，待瘘管也就是肛瘘形成以后，再行二次肛瘘手术才能够达到治愈。 肛周脓肿也有中医的一些治疗，中医的治疗主要是通过中药来进行调理，也有中医比较传统的挂线，对于脓腔和肛瘘形成的相通的脓肿采用的挂线疗法。