乙肝小三阳感染者无论是自然转阴，还是抗病毒治疗后转阴，都有很大可能会复发。乙肝小三阳自然转阴比例将近是乙肝大三阳的50倍，但每年小三阳自然转阴率也仅为0.5%-1%，即使转阴后十年，也会有14%转阴人群肝细胞中仍然会检测出乙肝病毒cccDNA，肝细胞中的乙肝病毒cccDNA就是乙肝病毒复制的模板，会造成乙肝病毒复发。乙肝小三阳经抗病毒治疗后也会转阴，当乙肝表面抗原＜1500IU/L时，应用长效干扰素抗病毒治疗是所有抗病毒疗法中转阴率最高的一种，停药三年后也只仅有11%才会转阴。虽然表面抗原转阴了，但如果没有出现表面抗体阳转，复发的可能性也会达到50%以上。其他口服抗病毒疗法的转阴率更低，最近上市的口服抗病毒药物富马酸丙酚替诺福韦片小三阳转阴率1%，和小三阳的自然转阴率几乎相同。所以，乙肝小三阳要想通过抗病毒治疗后转阴，可能性微乎其微。