甲巯咪唑是咪唑类的抗甲状腺药物。该药最常见的副作用是皮肤瘙痒和皮疹，通常在用药前两个月多见。此外，还会有胃肠道反应、头痛及关节疼痛。比较严重的不良反应，主要是血液系统异常。轻者出现白细胞减少，严重可导致粒细胞缺乏、再生障碍性贫血。药物性肝炎、血小板减少、间质性肺炎、肾炎和脉管炎相对比较罕见。