益生菌目前认为还是比较安全的，目前国内使用的益生菌有二十多种，主要有双歧杆菌、嗜酸乳杆酸菌，洛酸梭菌，布拉酵母菌，肠球菌，地依芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌。益生菌作用具有明显的菌株特异性和剂量依赖性，即某一菌株的治疗作用并不代表本属或种的益生菌菌均具有这一作用，目前很难评价多种菌属与单一菌属制剂的优劣。对益生菌安全性的担心目前主要集中在所用菌种能否引起潜在的感染，或是否能够携带和传递耐药性，但是迄今为止，全球范围内没有益生菌引起严重毒副反应的报道，国内未见使用益生菌引起感染和传播耐药的报道，国外报道的益生菌的相关不良反应，脑炎、肺炎、脑膜炎等病例报道，均是发生在免疫功能受损的患者。所以目前用于新生儿没有免疫受损的情况下，服用益生菌还是很安全的。