对放射性肠炎目前除了对症和支持治疗外，缺乏有效的治疗手段预防或根治措施。急性放射性肠炎的治疗主要是保守治疗。在放疗期间要素饮食可以降低放疗所导致的腹泻的发生率和严重程度。严重营养不良者可以进行胃肠外营养支持。腹痛者可以使用选择性钙通道拮抗剂，比如匹维溴铵或奥替溴铵。轻度腹泻者使用蒙脱石散、益生菌，腹泻较重者使用盐酸洛哌丁胺治疗。氨基水杨酸类药物在急性放射性肠炎中有一定的作用，常用美沙拉嗪。慢性放射性肠炎的治疗主要是营养支持治疗，使用谷氨酰胺，生长激素，益生菌，粪菌移植，粘膜保护剂包括硫糖铝凝胶，蒙脱石散，盐酸小檗碱片，康复新液，灌肠治疗，必要时可以内镜治疗。