巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿。药物治疗的目的是抑制卵巢功能，阻止病情的发展，患者可在医生指导下使用以下药物进行治疗，首先非甾体类抗炎药，是一类抗炎解热镇痛的药物，可用于缓解病变引起的轻微腹痛或痛经。其次激素类药物：1.口服避孕药是最早用于治疗本病的激素类的药物，适用于轻度患者。2.孕激素，常用的有醋酸甲羟孕酮，甲地孕酮或炔诺酮。3.孕激素受体拮抗剂，米非司酮。4.孕三烯酮，也是一种假绝经疗法。5.促性腺激素释放激素激动剂，可以使卵巢激素水平明显下降，出现暂时性的闭经，又称为药物性卵巢切除。