肾积水的原因比较多，任何造成肾盂内尿液排出受阻的病因均可造成肾积水的发生。临床上常见的疾病，如先天性的疾病，先天性肾盂输尿管交界处梗阻造成肾盂尿液排出受阻会引起肾盂扩张，造成肾积水。肾脏异位的血管压迫输尿管造成梗阻，出现肾积水的发生。下腔静脉后的输尿管由于输尿管受到腔静脉的压迫，从而使得尿液引流的阻力增加，造成肾盂扩张，引起肾积水。另外，后天性的一些病因如输尿管的炎性狭窄，输尿管肿瘤造成梗阻，或者是由于结石，血块堵塞输尿管引起梗阻。膀胱大量的尿液积聚引起膀胱输尿管反流都是引起肾积水的常见病因。