双肾结石的治疗较为复杂。根据结石部位的不同，选择不同的治疗方法。双肾结石较小，直径小于0.6cm者，同样可以采取药物排石等保守治疗。直径略大者，可以选择体外冲击波治疗。大于2cm者，需要酌情选择微创手术治疗。如：双侧输尿管结石者，首选输尿管镜碎石取石术，尽可能尽同时解除梗阻。如不能成功，可以选择其他微创手术方式。一侧肾结石，另一侧输尿管结石者，应先处理输尿管结石。对于双侧肾结石时，在尽可能保留肾的前提下，先处理容易取出且安全的一侧。