肾囊肿穿刺有以下危害：第一，有发生出血的风险。因为肾脏局部血流比较丰富，所以在肾囊肿穿刺时肯定是有出血倾向的，只是或多或少，当囊肿位置比较深时，发生出血的风险会更大。第二，有发生损伤局部组织脏器的风险。当行肾囊肿穿刺时，要经过其他的脏器，尤其是当囊肿位置比较深时，它可能会损伤到肌肉、肠管、肝脏等脏器。第三，有发生感染的风险。第四，肾囊肿穿刺有可能会损伤到集合系统，也就是排尿系统，包括肾盂、肾盏、输尿管，此时可能会出现肉眼血尿。但是肾囊肿穿刺一般都是在B超引导，或者是CT引导下操作，该操作技术现在比较成熟，一般会根据患者的情况选择合适的措施，当风险比较大时可能会选择中止穿刺，所以一般是囊肿穿刺还是比较安全的。