治疗隐孢子虫病的药物，一般螺旋霉素以及阿奇霉素等螺旋霉素，对于治疗该疾病引发的急性腹泻是有较好效果的，能够减短腹泻持续时间以及粪便排出引孢子虫卵的时间。而阿奇霉素属于大环内酯类抗生素，在抗寄生虫感染方面的效果也是比较好的。患者可以在医生指导下使用以上的药物来做治疗。在使用药物治疗的期间，有些患者可能会出现恶心以及呕吐等不良反应。如果不良反应是比较轻度的，通常不需要做特殊处理。