胃间质瘤一般不是良性肿瘤，它具有恶性肿瘤的生物学特征，因为它会发生肝脏转移和腹腔转移。并且同样要面临复发的风险。所以目前在临床上，采用危险度分级的方式。对胃间质瘤进行危险度分级，分为极低危险性胃间质瘤和低度危险性胃间质瘤、中度危险性胃间质瘤，和高度危险性胃间质瘤。危险度分级的标准，包括肿瘤的大小和核分裂象数。如果是超过5个分裂项的胃内肿瘤，或者超过一个分裂像的小肠肿瘤，一般就会为恶性的了。