氟哌噻吨美利曲辛胶囊的主要的副作用是部分患者服用之后会出现一过性的不安和失眠，还可出现有头晕，震颤，疲劳以及睡眠障碍，不安，躁动。部分患者还会出现视觉功能障碍，表现为调节障碍，以及胃肠道的不适，表现为口干，便秘。这个药物对于器质性脑损伤，惊厥，抽搐，甲状腺功能亢进，重症肌无力，以及肝脏病的晚期患者需要慎用。一般对于孕妇和哺乳期的妇女也是需要慎用的。这个药物主要适用于轻度和中度的抑郁和焦虑。