受到支原体、衣原体的病原体感染，一般临床上最常见的是感染到呼吸系统引起了支气管炎、肺炎等，可以选择对症和病因治疗的药物。病因治疗的药物主要是以大环内酯类药物为主，比如红霉素、阿奇霉素、克林霉素等，还可以选择使用喹诺酮类的药物比如左氧氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星、洛美沙星、加替沙星等。对出现的持续刺激性的咳嗽可以选择镇咳作用的药物，比如右美沙芬片、复方甘草片、复方甘草糖浆、复方福尔可定口服溶液以及酮替芬等。