手指甲凹陷主要是由感染性疾病或者非感染性疾病两类因素引起的。常见的引起手指甲凹陷的感染性疾病主要有各类指甲及其附属组织的炎症，这类疾病会影响指甲的正常生长，就会在局部形成凹陷。但局部感染控制后，凹陷处可能会恢复。引起手指甲凹陷的非感染性疾病主要有湿疹、肿瘤、外伤等，使得指甲不能正常生长，而出现凹陷。部分非感染性疾病还会引起指甲周围皮肤干燥，影响指甲和甲床下组织之间的贴合度，不利于指甲的生长，形成线状、点状或者不规则凹陷。