生脉饮最常见的副作用，包括过敏反应，对胃肠道功能的影响以及使用不当对原有疾病造成加重的情况。生脉饮出现过敏反应的时候，常常会出现皮疹伴有瘙痒，停药以后可以得到缓解。对胃肠道功能的影响主要是由于生脉饮加重了胃肠道的负荷。如果患者胃肠道功能不好，常常会出现消化不良功能紊乱等症状，对于发热、出血性疾病的患者，服用生脉饮以后常常会导致病情加重。