明朝的首都是南京。明朝的第一位皇帝朱元璋在洪武元年（1368年）建立明朝后，将首都设在南京，称为“京师”。南京是当时中国南方最重要的城市之一，地理位置优越，交通便利，经济繁荣，文化底蕴深厚，是明朝政治、经济、文化中心。明朝以后，南京曾多次成为中国的政治中心，如明朝中期和清朝初期。