功能性消化不良的治疗，主要是改变饮食和生活习惯，根除幽门螺杆菌，抑制胃酸分泌以及促进胃动力，以及精神心理的治疗。如果出现腹泻，还要针对腹泻治疗，出现便秘也可以口服益生菌，腹泻和便秘双向调节，也可以考虑清洁灌肠或者是促进胃动力的治疗，都可以改善上述的症状。在饮食上主要是不吃刺激性比较强的食物。