奥美拉唑肠溶胶囊不可以长期来使用。这个药物虽然可以抑制胃酸的分泌，缓解胃酸分泌过多导致的，腹痛腹胀、反酸嗳气等症状，对于治疗消化道溃疡、应急性溃疡、反流性食管炎、胃泌素瘤等疾病效果还是不错的。但是是药三分毒，任何一种药物都不能长期来使用，长期使用的话可能会导致肝肾功能损伤的，另外，奥美拉唑肠溶胶囊抑制胃酸的分泌，长期使用的情况下可能导致胃酸分泌减少，此时并不利于消化系统功能的恢复。当胃酸减少时，胃蛋白酶原难以正常被激活，难以发挥其消化食物的功效，此时可能会导致萎缩性胃炎的。