对于双肾萎缩的治疗需要结合肾脏的目前的肾功能水平及基础病因来综合的进行判断，如果患者是由慢性的肾脏疾病发展而来的，比如慢性肾小球肾炎、高血压肾病。肾脏一旦出现了萎缩，这说明肾功能已经所剩无几，如果肾功能升高的不是很明显就需要借助于排毒的药物来进行治疗。肾功能所剩无几已经达到了尿毒症期，那么就需要给予血液透析、腹膜透析或者肾移植来进行治疗了，另外有些肾脏疾病在明确的病因以后积极的给予处理。肾萎缩可能能够得到延缓或者停止，如果患者肾功能还剩余很多而且双肾脉动脉狭窄已经确诊，这时候可以在肾动脉内放入支架来改善肾脏的血液供应。