胆汁反流性胃炎的治疗需要口服胃动力药物以及胃黏膜保护药物，同时也可能需要使用结合胆盐的药物，或者使用阴离子交换树脂加速胆盐以及大便的排出。部分患者也可能联合使用质子泵抑制剂，以及根除幽门螺杆菌感染的药物，来促进疾病的缓解。引起胆汁反流性胃炎主要的原因是因为胃酸的分泌过多、胆汁的反流，以及幽门螺杆菌的感染，因此需要使用上述药物对症处理。部分症状严重的患者，并且经过内科治疗无效的患者，有可能需要做胆道分流手术。