疱疹性咽峡炎在治疗的时候，常用到的药物有下列几类：1.抗病毒药物。因为疱疹性咽峡炎的患病原因，主要是肠道病毒的感染引发的，因此，利巴韦林、阿昔洛韦等抗病毒药物是一线用药。2.解热镇痛的药物。此病发病之后，大多数患者会出现咽喉部位的严重的疼痛、身体高热等表现。如果影响了患者正常的进食及规律的生活，就可以选用布洛芬等止痛退热的药物来进行处理。3.抗生素药物。当疾病发展的比较严重时，会出现继发细菌感染的情况，这时就应选用青霉素等药物进行治疗。