阴茎根部有几个小疱，建议到医院进一步检查明确原因：1、疱疹病毒感染，可以出现阴茎根部有小疱，小疱体积较小，呈簇状分布，可伴有局部的疼痛或伴有周围红肿等改变。绝大多数是通过不洁的性接触而导致传播，传播以后可以出现小疱样的改变，疱壁可以自行破裂，导致局部形成慢性的溃疡。经治疗以后一周左右小疱可消失，但疱疹病毒可能残存在体内，无法被根治，随之免疫力降低后，可能会出现反复发作的特点。2、局部存在有皮肤的炎症，而引起局部张力性水疱，存在有局部的过敏而引起局部过敏性的水疱。这时都可以伴有局部的红肿或者瘙痒，出现局部的破溃结痂、流脓等反应，需要进一步的进行相关分泌物的涂片检查，确定有无感染或者药物过敏等。