巧克力囊肿的治疗应根据患者的年龄、症状、范围、生育要求、以及主观愿望而定。卵巢巧克力囊肿，又称为卵巢子宫内膜异位囊肿，属于子宫内膜异位症的一种。症状有痛经，性交痛，不孕及月经不调。治疗分为药物治疗和手术治疗，手术治疗又分为保守性治疗和根治性治疗。无症状或症状较轻者可进行期待治疗。有生育要求的女性，情况轻者可进行药物治疗，情况重者可进行保留生育功能的手术。无生育要求的女性，重症患者可进行保留卵巢的手术，症状及病变均严重者可进行根治性治疗。