抗甲状腺药常用的有丙硫氧嘧啶和甲巯咪唑，两个药物都有一些副作用。甲巯米唑引起粒细胞减少或者粒细胞缺乏的副作用，要强于丙硫氧嘧啶，两个药物都有引起药疹的一些副作用，严重的时候还可能会发生剥脱性皮炎。另外甲巯米唑引起的肝功能损害主要表现为胆汁淤积性肝炎，而丙硫氧嘧啶引起的肝功能损害，多见于坏死性肝炎。