肝硬化失代偿期并发门静脉血栓形成的治疗方法主要包括：第一、抗凝的治疗：对新近发生的血栓，应作早期的静脉肝素抗凝治疗，可使80%以上的患者出现完全或者广泛性的再通，口服抗凝药物治疗至少维持半年，但是要注意容易诱发出血。第二、溶栓治疗，对于早期的门静脉血栓，也可以采用经皮、经股静脉插管至肠系膜上动脉后置管，微量泵持续的泵入尿激酶进行早期的溶栓，可以使门静脉再通，也存在诱发出血的风险。第三、经颈静脉肝内门体分流术，适用于血栓形成的时间较长，出现激化的患者，肠切除的适应症是：肠系膜血栓至肠坏死，这两种手术都应该进行持续的抗凝，预防血栓再形成。第四、外科手术取栓，这种情况往往因为肝功能较差，门静脉压力过高，无法进行手术。