双侧基底节腔隙性脑梗死在治疗时首先要积极治疗患者的基础疾病，对血压高的患者要给予降血压治疗，血糖高的患者口服降糖药物，血脂高的患者，需要口服他汀类的降血脂药可以降低血液粘稠度，稳定斑块。在此基础之上要长期口服一些抗血小板凝集的药物，比如肠溶阿司匹林，氯吡格雷，还可以口服具有扩张血管，改善微循环的药物，比如氟桂利嗪，维脑路通也可以适当吃一些活血通络的中药，比如丹参，银杏叶片