疱疹性咽峡炎的治疗主要是服用抗病毒的药物。疾病是由于病毒感染引起的传染性疾病，最常见的病原体是柯萨奇病毒。西药常用的抗病毒药物有利巴韦林、奥司他韦、阿昔洛维等。也可以服用中成药进行抗病毒治疗，比如板蓝根、金银花、抗病毒口服液等。或者是服用中药，大青叶、金银花、连翘等药物进行治疗。除了服用抗病毒的药物以外，口腔也可以使用口腔喷雾剂来缓解口腔疼痛不适的症状。康复期间还要注意多喝水，避免吃辛辣刺激生硬的食物，以免刺激口腔而引起疼痛。