小金胶囊和小金丸的主要区别在于药物的制剂形式，小金胶囊和小金丸的药物组成和临床功效都是一样的，从药物组成角度考虑，都含有木鳖子、制草乌、地龙等多种成分，两种药物的功效都是散结消肿、化瘀止痛。但是，因其药物的制剂形态不同，所以摄入人体之后产生的刺激性改变也是不同的，小金胶囊本身是胶囊制剂，摄入体内可能会出现恶心、反酸等诸多现象，而对于小金丸来说，虽然也可能会出现恶心、反酸的症状，但是出现的概率要比胶囊制剂大大降低。