对于肾结石引起的尿路感染，治疗上首先需要注意卧床休息，多饮水维持每日尿量达1.5升以上，有利于炎症产物的排出，注意饮食易消化，富含热量及维生素，抗力药物可选用复方新诺明，喹诺酮类，青霉素类，头孢菌素类等。去甲万古霉素适用于耐甲氧西林的葡萄球菌，多重耐药的肠球菌感染以及对青霉素过敏的革兰阳性球菌的感染，亚胺培南西司他丁对革兰阴性杆菌杀菌活性比较好，这两种尤其适用于难治性的感染以及免疫缺陷症的肾盂肾炎。对于抗感染治疗应个体化，疗程七到十四天，静脉用药者可在体温正常，临床症状改善，尿培养细菌转阴后改为口服治疗。对于肾结石的治疗，应采取个体化的治疗方案，主要的治疗方法包括，病因治疗，药物治疗，体外冲击波碎石，经皮肾镜取石或者碎石术，输尿管镜取石或碎石，腹腔镜输尿管取石以及开放性的手术治疗。