龟头上长了个小水疱的原因有很多，最常见的就是龟头炎，产生龟头炎的原因有很多，平时没有注意卫生导致的细菌、病毒感染，以及内衣刺激、摩擦和包皮过长等都会导致龟头炎。面对龟头炎需要保持龟头局部的清洁卫生，治疗期间最好避免性生活，如果是因为念珠菌感染，可以用克霉唑乳膏、盐酸特比萘芬乳膏等外涂。如果是包皮过长引起，可以通过手术去掉过长的包皮来进行治疗。除了龟头炎会引起龟头上长小水疱以外，生殖器疱疹也会引起龟头上长小水疱。生殖器疱疹是一种由疱疹病毒感染所导致的性传播疾病，需要去医院进行正规治疗，治疗常用的药物有阿昔洛韦类的抗病毒药物。