做花甲时，如果发现花甲肚子里有屎，应该将其清除干净。这是因为花甲在生长过程中会摄取水中的杂质，包括排泄物，如果不清理干净，可能会影响菜肴的口感和卫生。

清理花甲时，应该先将花甲放入清水中浸泡，让其排出肚子里的杂质。然后，用刀轻轻切开花甲的背部，将肚子里的屎挑出来，最后用清水冲洗干净。

总之，清理花甲肚子里的屎是制作美味花甲菜肴的必要步骤，也是保证食品安全卫生的重要措施。