临床上对于肛窦炎的治疗方法，主要是药物保守治疗以及手术治疗，具体治疗主要是看肛窦炎的严重程度。对于轻微的肛窦感染发炎主要是选择药物保守治疗，比如常用的药物可以选择普济痔疮栓、双氯芬酸钠栓或者是九华痔疮栓内塞，以及配合甲硝唑注射液或者是清热解毒的中药进行保留灌肠。必要的话也可以配合口服阿莫西林或者是头孢类的抗生素消炎治疗。同时一定要保持大便通畅，避免大便干燥、坚硬或者是经常性的腹泻，这样的话也有助于肛窦炎的愈合。但是，如果肛窦炎感染进一步加重，形成局部红肿，这种情况下则建议尽早采取肛窦切开引流术处理。