吸入性的糖皮质激素的副作用主要是患者在吸入后不进行及时的清水漱口，会导致声音嘶哑、咽部不适及念珠菌感染。因为吸入性的糖皮质激素，如果在口咽部积聚过多会导致以上不良反应。同时，吸入性糖皮质激素，全身不良反应与吸入药物以及药物的利用度等有关系。成年哮喘患者如果每天吸入低到中级的剂量一般不会没有一些明显的全身不良反应。但是如果长期高级剂量的吸入糖皮质激素可能会出现全身不良反应，如皮肤的瘀斑、肾上腺功能抑制、骨密度降低等。如果伴有活动性肺结核哮喘患者，有可能在抗结核治疗过程中，给予糖皮质激素吸入继发结核的活动和复发。