真菌常会引起浅部的真菌感染病和深部的真菌感染病。浅部的真菌感染，主要是侵犯毛发，表皮和甲板，引起手癣，脚癣，体癣，头癣，甲癣和花斑癣等。深部的真菌感染，主要侵犯于内脏器官，骨骼及神经系统。较常见的有孢子丝菌病及隐球菌病，念珠菌病。念珠菌是条件致病菌，感染时常表现为念珠菌性外阴阴道炎，念珠菌性包皮龟头炎等。侵犯的部位不同，症状也不一样，临床上都可使用抗真菌的药物治疗。