脚气引起来的灰指甲一般都是由于真菌感染导致的，对于这种疾病的治疗，一般可以在医生的指导下，使用抗真菌的药物来进行治疗。比如可以通过口服伊曲康唑，特比萘芬来进行治疗，如果患者的肝功能比较好，也可以口服灰黄霉素来进行治疗。必要时也可以通过涂抹阿莫罗芬软膏，或者是阿莫罗芬擦剂等来进行治疗，平时患者也要注意局部的清洁卫生。