阿米巴肠病的症状是腹痛，腹胀，便血，果酱样便等，病情严重者可出现肠穿孔，肠出血等。阿米巴肠病发病前有一定的潜伏期，数日至数周，大多三周以上，部分患者感染阿米巴后，粪便中会有包裹体排出，但无临床症状，称为携带者。如感染者免疫力低下，则可能会发病而出现症状。阿米巴肠病视病变广泛的程度，病情轻重不一，症状无特异性。如果病变局限于盲肠，升结肠或溃疡较小时，患者仅有大便习惯改变或偶有便血，常误认为痔。典型表现为阿米巴痢疾，起病缓慢，一般无发热，呈间歇性腹泻，发作时有腹胀，轻、中度腹绞痛，大便每日数次至十余次。典型的阿米巴痢疾大便量中等，粪质较多，腥臭，血性黏液便，呈果酱样，但更多的仅有稀散或水样便，臭，有时含粘液或血，间歇期大便基本正常。