巧克力囊肿吃的药物是比较多的。由于巧囊的发生与排卵有关，判断以后常常会出现巧囊的增大，反复破裂形成粘连。所以可以通过药物进行治疗。如果没有生育的要求，口服短效的避孕药效果是比较好的。因为它可以抑制排卵，但是卵巢的巧克力囊肿治疗方式除了药物，有的时候可以选择手术的治疗，特别是囊肿比较大的情况下，就可以做腹腔镜的手术，进行巧囊的播出。如果大的囊肿没有手术，是会影响怀孕的，出现受孕的几率下降，甚至影响排卵的发生。