男性患者如果出现小便时尿道刺痛，可由以下原因引起：1.尿道内存在结石。由于男性尿道较长，当尿道内存在结石时，无法通过尿道排出体外，可以出现排尿费力以及排尿持续性疼痛症状。2.患有急性尿道炎。当尿道感染时，尿道黏膜红肿、充血，可伴有表面的微损伤，尿液流经尿道时即可产生刺痛感，同时可伴有尿急、尿频的症状，建议及时进行抗感染治疗。3.当患者存在过度性生活以及手淫时，可能导致阴茎和尿道劳损，患者可能会出现一过性的排尿后疼痛感以及烧灼感。患者要据病因积极进行治疗。建议患者暂时停止性生活2-4周，日常要多饮水。